全水溶性菌肥主要是在水溶肥、冲施肥或者叶面肥里添加水溶性微生物菌剂，从而起到解药害、抗重茬、降农残、增产量、提品质等功效。全水溶性菌肥有固氮菌、解磷菌、解钾菌。其中，固氮菌能促进作物固定空气中的自由氮，并能转化为作物直接吸收利用的有效态氮，减少土壤中氮素的淋失；解磷、解钾菌能分解释放土壤中长期吸附、沉积下来的磷钾元素，转化为易于作物吸收的水溶性磷钾，利用率在50%-70%以上。
当肥料不充足时，作物的生长就会受影响。在这时，利用全水溶性菌肥活化土壤本身含有的氮磷钾，将土壤中沉积的磷、钾等水解活化供作物吸收利用，提高化肥利用率，减少了化肥使用量，增加了经济效益。