根据作用不同，生物肥料可分为五大类：
1. 有固氮作用的菌肥。包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻等。 2. 分解土壤有机物的菌肥。包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。 3. 分解土壤中难溶性矿物的菌肥，包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。 4. 促进作物对土壤养分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等。 5. 抗病及刺激作物生长的菌肥。包括抗生菌肥、增产菌肥等。
